IIMCB logo

LABORATORIUM METABOLIZMU BIAŁEK

Pokrzywa Lab logo

Laboratorium dra hab.

Wojciecha Pokrzywy

Kim jesteśmy

Jesteśmy laboratorium badawczym zlokalizowanym w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie, jednej
z najlepszych instytucji badawczych w Polsce.

Skupiamy się na mechanizmach metabolizmu białek - utrzymaniu równowagi pomiędzy ich syntezą a degradacją. Badamy regulację translacji, układ ubikwityna-proteasom, sieć chaperonów oraz egzofery mięśniowe w proteostazie. Jednakże czasem intrygują nas tematy spoza tej listy.

W naszym laboratorium wykorzystujemy techniki biochemiczne, mikroskopowe, genetyki molekularnej i bioinformatyczne do prowadzenia badań na komórkach ssaczych i nicieniu C. elegans.

Badania

Scheme of impact of cold on transcriptome and proteome
Adaptacja komórek do zimna

Aby przeciwdziałać zimnu, organizmy wykształciły różne reakcje, od unikania go po adaptację do niskich temperatur. Tę ostatnią strategię stosują zwierzęta hibernujące, które w skrajnych przypadkach mogą przetrwać mroźne warunki przez wiele dni.
Skupiamy się na rozszyfrowaniu mechanizmów, które zmieniają ilość i rodzaje komórkowego mRNA i białek, ponieważ te rodzaje cząsteczek są krytyczne dla decyzji typu "żyć albo umrzeć" podejmowanych przez komórkę. Badamy również rolę sieci kontroli jakości białek i systemu ubikwityny podczas regeneracji C. elegans po stresie zimna. Prowadzimy również badania farmakologiczne w celu identyfikacji cząsteczek, które wspomagają zdolność C. elegans do przetrwania stresu zimna. 

Scheme of muscular exopheresis
Regulacja egzoferezy

Wykazaliśmy, że mięśnie C. elegans uwalniają egzofery, które mogą transportować syntetyzowane przez mięśnie białka żółtka, aby wspierać rozwój potomstwa, zwiększając jego szanse na rozwój i przeżycie (Turek i in., 2021). Nie wiemy jednak, jak egzofereza jest regulowana w odpowiedzi na czynniki zewnętrzne, które wpływają na rozwój i reprodukcję zwierząt.
C. elegans wykazuje szereg zachowań społecznych, które są regulowane przede wszystkim przez różne feromony. Komunikacja między zwierzętami oparta na feromonach i neuronach czuciowych moduluje wzrost zwierząt, czas generacji i zaopatrzenie matczyne, a my badamy ten system, aby określić wpływ sygnałów społecznych na egzoferezę. Niedawno odkryliśmy, że egzofereza jest różnie modulowana przez specyficzne dla płci askarozydy (tj. feromony, które są używane w komunikacji między osobnikami) oraz że neurony czuciowe i receptor 173 sprzężony z białkiem G regulują egzoferezę w odpowiedzi na bodźce środowiskowe i feromony (Banasiak i in., 2023). Stwierdziliśmy również, że neurony AQR/PQR/URX, które są bezpośrednio narażone na działanie płynu pseudokoelomicznego i monitorują wnętrze ciała robaka, ograniczają produkcję egzofer mięśniowych.
Według naszej wiedzy, nasze najnowsze badanie jest pierwszym, które opisuje, w jaki sposób komunikacja zwierząt wpływa na produkcję somatycznych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych. Obecnie badamy ten model, aby zidentyfikować molekularny mechanizm egzoferezy na poziomie mięśniowym.

Schema of E3 ligase complex
Kompleksy ligaz E3 w regulacji metabolizmu lipidów

Współpraca ligaz E3 (tj. istotnych składników układu ubikwityna-proteasom, które rozpoznają uszkodzone i niepożądane białka) może prowadzić do tworzenia alternatywnych struktur ubikwitynacji, które pomagają w kierowaniu specyficznością substratu. CHIP i jego robaczy ortolog CHN-1 są ligazami ubikwityny E3, które łączą system chaperonów z systemem ubikwityna-proteasom. CHN-1 może współpracować z UFD-2, inną ligazą ubikwityny, w celu przyspieszenia tworzenia łańcucha ubikwityny; jednak podstawa wysokiej procesywności tego zestawu E3 pozostaje niejasna.
Badamy mechanizm molekularny i funkcję kompleksu CHN-1-UFD-2 w C. elegans. Nasze dane pokazują, że wiązanie UFD-2 promuje współpracę między CHN-1 a enzymami E2 sprzęgającymi ubikwitynę poprzez stabilizację dimeru U-box CHN-1. Jednakże chaperon HSP70/HSP-1 konkuruje z UFD-2 o wiązanie CHN-1, promując w ten sposób przejście do stanu autoinhibicji CHN-1 poprzez oddziaływanie na konserwowaną resztę w jego domenie U-box. Interakcja z UFD-2 umożliwia CHN-1 wydajną ubikwitynację i regulację S-adenozylohomocysteinazy, kluczowego enzymu w cyklu regeneracji S-adenozylometioniny, który jest niezbędny do metylacji zależnej od S-adenozylometioniny. Nasze wyniki definiują mechanizm molekularny leżący u podstaw synergistycznej współpracy CHN-1 i UFD-2 w ubikwitynacji substratów. Obecnie badamy nowe substraty kompleksu CHN-1-UFD-2, które są zaangażowane w metabolizm lipidów.

Scheme of a lysine desert protein
Regulacja proteomu z deficytem lizyny poprzez niekanoniczną ubikwitynację

System ubikwityna-proteasom (UPS) jest głównym szlakiem usuwającym uszkodzone i niechciane białka. Proteasom rozpoznaje białka ubikwitynowane - oznaczone małym białkiem o nazwie ubikwityna i degraduje je. Ubikwityna jest głównie przyłączana do reszt lizynowych białka przeznaczonego do degradacji w procesie zwanym ubikwitynacją. Jednak UPS musi skutecznie eliminować tylko niepożądane białka, pozostawiając funkcjonalne i niezbędne nienaruszone. Intuicyjnym mechanizmem proteomu podatnego na przedwczesną ubikwitynację jest unikanie lizyn w krytycznych domenach lub całych sekwencjach, potencjalnie pozostawiając kilka, których ubikwitynację można precyzyjnie kontrolować. Wykazano, że rozległy region pozbawiony lizyny (tj. pustynia lizynowa) w drożdżowej ligazie E3 Slx5 przeciwdziała jej degradacji zależnej od ubikwityny. Przeprowadziliśmy badania bioinformatyczne wśród prokariotów i eukariotów, aby opisać zakres i zachowanie tego zjawiska (Szulc i in., 2023). Stwierdziliśmy, że pustynie lizynowe są szeroko rozpowszechnione wśród bakterii wykorzystujących degradację proteasomalną zależną od pupylacji, analogu UPS. U eukariontów pustynie lizynowe pojawiają się wraz ze wzrostem złożoności organizmu, a wśród tych najbardziej ewolucyjnie zachowanych, szczególnie dużo jest białek UPS. Wykorzystując ligazy VHL i SOCS1 E3, które w toku ewolucji wydłużyły swoje pustynie lizynowe, ustaliliśmy, że są one ubikwitynowane nielizynowo, co nie wpływa na ich stabilność i mogą podlegać obrotowi proteasomowemu niezależnie od ubikwitynacji. Nasze dane sugerują, że kombinacja ubikwitynacji nielizynowej i degradacji niezależnej od ubikwityny może kontrolować funkcję i los proteomu z niedoborem lizyny, ponieważ obecność pustyń lizynowych nie koreluje z okresem półtrwania. Obecnie badamy regulację innych pozbawionych lizyny receptorów ligaz kullinowych-RING, jak również dążymy do rozszyfrowania roli regionów pozbawionych lizyny w degradacji białek oraz do opracowania analitycznej metody katalogowania i badania roli ubikwitynacji nielizynowej poprzez zastosowanie podejść biochemicznych i proteomicznych oraz głębokiego uczenia.

Scheme of myosin assembly
DEGRONOPEDIA: serwer internetowy do badania degronów w całym proteomie

Degron ukierunkowany na degradację zawiera pobliską resztę zmodyfikowaną ubikwityną i wewnętrznie nieuporządkowany region, który oddziałuje z proteasomem. Sygnalizacja degronowa była badana w ostatnich dekadach, ale nie ma zasobów do systematycznego poszukiwania miejsc degronowych w celu ułatwienia badań nad ich znaczeniem biologicznym, takich jak celowana degradacja białek.
Aby wypełnić tę lukę, rozwijamy DEGRONOPEDIĘ (degronopedia.com), serwer intern etowy, który umożliwia eksplorację motywów degronowych w proteomach kilku organizmów modelowych oraz mapowanie tych danych do reszt lizynowych, cysteinowych, treoninowych i serynowych, które mogą ulegać ubikwitynacji oraz do regionów wewnętrznie nieuporządkowanych, które są do nich zbliżone zarówno pod względem sekwencji, jak i struktury. Serwer przedstawia kontekst ewolucyjny degronów oraz informuje o modyfikacjach potranslacyjnych i mutacjach patogennych w obrębie degronu i jego regionów bocznych, jako że mogą one modulować dostępność degronu. DEGRONOPEDIA umożliwia analizę niestandardowych sekwencji/struktur w celu zbadania ich pod kątem motywów degronowych. Zaimplementowaliśmy również uczenie maszynowe do przewidywania stabilności N- i C-końca białka, ułatwiając identyfikację substratów szlaków N-/C-degronowych. Projekt ten obejmuje również eksperymentalną walidację przewidywanych degronów w kontekście komórkowym. Stale wdrażamy nowe funkcje DEGRONOPEDII w oparciu o informacje zwrotne od użytkowników oraz rozbudowujemy bazę motywów degronowych, ponieważ nasze narzędzie ma na celu stymulowanie badań nad degronami. 

Aktualności

Listopad 2023 | Publikacja nowego artykułu

graphic showing that lysine desert does not protect from ubiquitination per se

Opublikowaliśmy artykuł na temat zjawiska pustyń lizynowych, w których sekwencje białkowe zawierają rozległe fragmenty całkowicie pozbawione lizyn. Nasze badania pokazują, że pustynie lizynowe powstały na wczesnym etapie ewolucji i występują u bakterii przy użyciu pupylacji, procesu analogicznego do eukariotycznej ubikwitynacji. Pomimo ochronnej roli pustyń lizynowych przed ubikwitynacją za pośrednictwem kullin dla receptorów substratów VHL i SOCS1, nasze odkrycia wskazują, że receptory te mogą nadal ulegać ubikwitynacji na resztach innych niż lizyny.

Listopad 2023 | Publikacja nowego preprintu

Wojciech at the 1st Polish Conference of Families with Protein Glycosylation Disorders

Opublikowaliśmy preprint opisujący zdolność floksurydyny (FUdR), leku przeciwnowotworowego, do zwiększania zdolności degradacyjnych proteasomu u C. elegans w warunkach jego inhibicji lub niedoboru podjednostek. Zjawisko to przyczynia się do wydłużenia długości życia i ułatwia adaptację do zimnego środowiska. Co więcej, nasze badania ujawniły indukcję specyficznego szlaku detoksykacji przez FUdR.

Wrzesień 2023 | Nasza obecność na Konferencji CDG GPI

Wojciech na I Polskiej Konferencji Rodzin z Zaburzeniami Glikozylacji Białek

Nasz kierownik Wojciech i doktorantka Natalia zostali zaproszeni na I Polską Konferencję Rodzin z Zaburzeniami Glikozylacji Białek (CDG GPI) w Górze św. Anny. Podczas wydarzenia zaprezentowali możliwości wykorzystania nicienia C. elegans jako organizmu modelowego w badaniach nad ludzkimi chorobami oraz zaangażowali się w dyskusję z Rodzicami i Pacjentami na temat aktualnego postępu i perspektyw badań nad chorobami rzadkimi w Polsce.

Wrzesień 2023 | Nasza obecność na warsztatach dot. mięśni

Abhishek at the 24th International C. elegans Conference in Glasgow

Kierownik naszego laboratorium Wojciech oraz dwie doktorantki, Natalia i Anwesha, mieli przyjemność uczestniczyć w warsztatach na temat mechanicznej ochrony przed stresem w znakomitym instytucie CECAD w Kolonii. Spotkanie pozwoliło nam zapoznać się z najnowszymi badaniami wykorzystującymi nicienia C. elegans do lepszego zrozumienia działania mięśni, a także dało nam możliwość podzielenia się własnymi wynikami i przeprowadzenia owocnych dyskusji naukowych.

Czerwiec 2023 | Nasza obecność na konferencji C. elegans

Abhishek at the 24th International C. elegans Conference in Glasgow

Nasze laboratorium, reprezentowane przez kierownika Wojciecha, postdoka Abhishka i doktorantkę Natalię, wzięło udział w największej konferencji poświęconej nicieniom - 24. Międzynarodowej Konferencji C. elegans w Glasgow. Zaprezentowaliśmy nasze badania nad efektem odporności na zimno, jaki 5'-fluorodeoksyurydyna (FUdR), lek przeciwnowotworowy, wywiera na C. elegans, a także nasze wyniki dotyczące ultra-rzadkiej mutacji w genie FEM1C, która powoduje poważne zaburzenie neurorozwojowe. Ogromnie się cieszymy, że oba nasze plakaty spotkały się z dużym zainteresowaniem i liczymy na kolejne spotkania z wybitnymi badaczami C. elegans podczas przyszłych konferencji.

Czerwiec 2023 | Nasza obecność
na Kongresie Fundacji JPŚ

Rare Disease Congress

Z przyjemnością wróciliśmy do Krakowa, aby wziąć udział w II Kongresie Fundacji Jesteśmy Pod Ścianą (JPŚ) "Choroby rzadkie - spojrzenie z wielu perspektyw" na Uniwersytecie Jagiellońskim. Kierownik laboratorium, Wojciech, i doktorantka, Natalia, przedstawili, w jaki sposób nasze badania nad niescharakteryzowanym zaburzeniem neurorozwojowym spowodowanym ultra-rzadką mutacją ligazy ubikwityny FEM1C doprowadziły do diagnozy, a także rzucili nieco światła na nasze obecne badania koncentrujące się na rozszyfrowaniu mechanizmu choroby i opracowaniu potencjalnej terapii. Mamy nadzieję, że nasze inne projekty wykorzystujące C. elegans w badaniu rzadkich mutacji również przyniosą cenne wyniki dla pacjentów.

Maj 2023 | Nasza obecność na konferencji w Barcelonie

Conference at IRB Barcelona

Cieszymy się, że Natalia, nasza doktorantka, zaprezentowała nasz nowy serwer internetowy DEGRONOPEDIA do poszukiwania degronów na konferencji "Proximity-inducing pharmacology: Targeted protein degradation and beyond" w IRB Barcelona - Institute for Research in Biomedicine. Jest nam niezmiernie miło, że nasze narzędzie spotkało się z dużym zainteresowaniem i z niecierpliwością czekamy na jego dalszy rozwój.
Nasz serwer jest dostępny na stronie degronopedia.com. 

Kwiecień 2023 | Publikacja nowego preprintu

AHCY mutant worm

Z racji tego, że S-adenozylohomocysteina (SAH) przedłuża życie organizmów modelowych, opublikowaliśmy preprint opisujący nasz model C. elegans z podwyższonym poziomem SAH wygenerowany poprzez wprowadzenie patogennej mutacji w enzymie hydrolazy S-adenozylohomocysteiny (AHCY), która jest związana z rzadkim autosomalnym recesywnym zaburzeniem metabolizmu metioniny. Nasze wyniki pokazują potencjał nicieni z mutacją AHCY jako narzędzia do badania wywołanych przez AHCY zmian w metabolizmie SAH, jako że wykazaliśmy, że zwierzęta z mutacją AHCY przejawiały opóźnione starzenie, któremu towarzyszył podwyższony poziom SAH.

Kwiecień 2023 | Obrona doktoratu Katarzyny

Obrona Katarzyny

Najszczersze gratulacje dla Katarzyny za wyjątkową obronę pracy doktorskiej!

Katarzyna przesunęła granice naszej wiedzy na temat egzoferezy mięśniowej u C. elegans, a jej wysiłki zaowocowały trzema artykułami z tej dziedziny, z których jeden trafił na okładkę EMBO Reports. 

Ponadto Katarzyna ma na swoim koncie współautorstwo dwóch innych publikacji dotyczących sytemu ubikwityna-proteasom, a także prezentowała swoje odkrycia na różnych międzynarodowych konferencjach. Dziękujemy Ci Kasiu za Twój cenny wkład w nasze projekty i wspólną podróż naukową!

Publikacje

2023

Lysine deserts and cullin-RING ligase receptors: Navigating untrodden paths in proteostasis
Szulc N.A.*, Piechota M., Biriczova L., Thapa P., & Pokrzywa W.*
bioRxiv
doi: 10.1016/ j.isci.2023.108344 

Sterility-Independent Enhancement of Proteasome Function via Floxuridine-Triggered Detoxification in C. elegans
Dubey A.A., Szulc N.A., Piechota M., Serwa R.A. & Pokrzywa W.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2023.11.11.566706 

Structural Interaction Fingerprints and Machine Learning for predicting and explaining binding of small molecule ligands to RNA
Szulc N.A.*, Mackiewicz Z., Bujnicki J.M.* & Stefaniak F.*
Briefings in Bioinformatics
doi: 10.1093/bib/bbad187 

In silico analysis of the profilaggrin sequence indicates alterations in the stability, degradation route, and intracellular protein fate in filaggrin null mutation carriers
Paul A.A.†, Szulc N.A.†, Kobiela A., Brown S.J., Pokrzywa W.* & Owsiak-Gutowska D.*
Frontiers in Molecular Biosciences
doi: 10.3389/fmolb.2023.1105678 

SAH and C. elegans Longevity: Insights from an AHCY Deficiency Model
Thapa P., Banasiak K., Serwa R. & Pokrzywa W.*
Research Square
doi: 10.21203/rs.3.rs-2855835/v1

Impaired iron recycling fr om erythrocytes is an early hallmark of aging
Slusarczyk P., Mandal P.K., Zurawska G., Niklewicz M., Chouhan K., Mahadeva R., Jończy A., Macias M., Szybinska A., Cybulska-Lubak M., Krawczyk O., Herman S., Mikula M., Serwa R., Lenartowicz M., Pokrzywa W. & Mleczko-Sanecka K.
eLife
doi: 10.7554/eLife.79196 

Lysine-deficient proteome can be regulated through non-canonical ubiquitination and ubiquitin-independent proteasomal degradation
Szulc N.A.*, Piechota M., Thapa P., & Pokrzywa W.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2023.01.18.524605

Structural Interaction Finrprints and Machine Learning for predicting and explaining binding of small molecule ligands to RNA
Szulc N.A.*, Mackiewicz Z., Bujnicki J.M.* & Stefaniak F.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2023.01.11.523582 

Preparation of Caenorhabditis elegans for Scoring of Muscle-derived Exophers
Banasiak K.*, Turek M.* & Pokrzywa W.*
Bio-protocol
doi: 10.21769/BioProtoc.4586 

---
pogrubienie - pracownik Laboratorium Metabolizmu Białek
* autor korespondencyjny
† równy wkład

2022

Pheromone-dependent olfaction bidirectionally regulates muscle extracellular vesicles formation
Banasiak K., Szczepańska A., Kołodziejska K., Tudu Ibrahim A., Pokrzywa W.* & Turek M.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2022.12.22.521669 

In silico analysis of the profilaggrin sequence indicates alterations in the stability, degradation route, and intracellular protein fate in filaggrin null mutation carriers
Paul A.A.†, Szulc N.A.†, Kobiela A., Brown S.J., Pokrzywa W.* & Owsiak-Gutowska D.*
Research Square
doi: 10.21203/rs.3.rs-2302890/v1

A novel de novo FEM1C variant is linked to neurodevelopmental disorder with absent speech, pyramidal signs, and limb ataxia
Dubey A.A.†, Krygier M.†, Szulc N.A.†, Rutkowska K., Kosinska J., Pollak A., Rydzanicz M., Kmiec T., Mazurkiewicz-Beldzinska M., Pokrzywa W.* & Ploski R.*
Human Molecular Genetics
doi: 10.1093/hmg/ddac276

A dimer-monomer sw itch controls CHIP-dependent substrate ubiquitylation and processing
Balaji V., Müller L., Lorenz R., Kevei E., Zhang W.H., Santiago U., Gebauer J., Llamas E., Vilchez D., Camacho C.J., Pokrzywa W. & Hoppe T.
Molecular Cell
doi: 10.1016/j.molcel.2022.08.003 

Ferritin-mediated iron detoxification promotes hypothermia survival in Caenorhabditis elegans and murine neurons
Pekec T., Lewandowski J., Komur A.A., Sobańska D., Guo Y., Świtońska-Kurkowska K., Małecki J.M., Dubey A.A., Pokrzywa W, Frankowski M., Figiel M. & Ciosk R.
Nature Communications
doi: 10.1038/s41467-022-32500-z 

A heterotypic assembly mechanism regulates CHIP E3 ligase activity
Das, A., Thapa, P., Santiago, U., Shanmugam, N., Banasiak, K., Dabrowska, K., Nolte, H., Szulc, N.A., Gathungu, R. M., Cysewski, D., Krueger, M., Dadlez, M., Nowotny, M., Camacho, C. J., Hoppe, T., & Pokrzywa, W.*
EMBO Journal
doi: 10.15252/embj.2021109566 

fingeRNAt - a novel tool for high-throughput analysis of nucleic acid-ligand interactions
Szulc, N.A.*, Mackiewicz, Z., Bujnicki,* J.M., & Stefaniak F.*
PLOS Computational Biology
doi: 10.1371/journal.pcbi.1009783 

DEGRONOPEDIA - a web server for proteome-wide inspection of degrons
Szulc N.A.*, Stefaniak F., Piechota M., Cappannini A., Bujnicki J.M. & Pokrzywa W.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2022.05.19.492622 

CHIP ubiquitin ligase is involved in the nucleolar stress management
Piechota M.*, Biriczova L.†, Kowalski K.†, Szulc N.A. & Pokrzywa W.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2022.05.17.492288

A novel de novo FEM1C variant is linked to neurodevelopmental disorder with absent speech, pyramidal signs, and limb ataxia
Dubey A.A.†, Krygier M.†, Szulc N.A.†, Rutkowska K., Kosinska J., Pollak A., Rydzanicz M., Kmiec T., Mazurkiewicz-Beldzinska M., Pokrzywa W.* & Ploski R.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2022.04.24.489208

Impaired iron recycling from erythrocytes is an early iron-dependent hallmark of aging
Mandal, P. K., Slusarczyk P., Zurawska G., Cybulska M., Krawczyk O., Mikula M., Herman S., Lenartowicz M., Serwa R., Pokrzywa W., & Mleczko-Sanecka K.
bioRxiv
doi: 10.1101/2022.01.16.476518

---
pogrubienie - pracownik Laboratorium Metabolizmu Białek
* autor korespondencyjny
† równy wkład

2021

fingeRNAt - a novel tool for high-throughput analysis of nucleic acid-ligand interactions
Szulc, N.A.*, Mackiewicz, Z., Bujnicki, J.M.*, & Stefaniak F.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2021.12.23.474073 

Heterotypic assembly mechanism regulates CHIP E3 ligase activity
Das, A., Thapa, P., Santiago, U., Shanmugam, N., Banasiak, K., Dabrowska, K., Nolte, H., Szulc, N.A., Gathungu, R. M., Cysewski, D., Krueger, M., Dadlez, M., Nowotny, M., Camacho, C. J., Hoppe, T., & Pokrzywa, W.*
bioRxiv
doi: 10.1101/2021.08.20.457118 

Muscle-derived exophers promote reproductive fitness
Turek, M., Banasiak, K., Piechota, M., Shanmugam, N., Macias, M., Śliwińska, M. A., Niklewicz, M., Kowalski, K., Nowak, N., Chacinska, A., & Pokrzywa, W.*
EMBO reports
doi: 10.15252/embr.202052071 

Maintaining proteostasis under mechanical stress
Höhfeld, J., Benzing, T., Bloch, W., Fürst, D.O., Gehlert, S., Hesse, M., Hoffmann, B., Hoppe, T., Huesgen, P.F., Köhn, M., Kolanus, W., Merkel, R., Niessen, C. M., Pokrzywa, W., Rinschen, M.M., Wachten, D., & Warscheid, B.
EMBO reports
doi: 10.15252/embr.202152507 

The dose-dependent pleiotropic effects of the UBB+1 ubiquitin mutant
Banasiak, K., Szulc, N.A., & Pokrzywa, W.*
Frontiers in Molecular Biosciences
doi: 10.3389/fmolb.2021.650730

---
pogrubienie - pracownik Laboratorium Metabolizmu Białek
* autor korespondencyjny

2020

The ubiquitin-conjugating enzyme UBE2K determines neurogenic potential through histone H3 in human embryonic stem cells
Fatima, A., Irmak, D., Noormohammadi, A., Rinschen, M.M., Das, A., Leidecker, O., Schindler, C., Sánchez-Gaya, V., Wagle, P., Pokrzywa, W., Hoppe, T., Rada-Iglesias, A., & Vilchez, D.
Communications Biology
doi: 10.1038/s42003-020-0984-3 

Ubiquitin signaling regulates RNA biogenesis, processing, and metabolism
Thapa, P., Shanmugam, N., & Pokrzywa, W.*
BioEssays
doi: 10.1002/bies.201900171

CHIP ubiquitylates NOXA and induces its lysosomal degradation in response to DNA damage
Albert, M.-C., Brinkmann, K., Pokrzywa, W., Günther, S. D., Krönke, M., Hoppe, T., & Kashkar, H.
Cell Death & Disease
doi: 10.1038/s41419-020-02923-x 

Bioshell 3.0: Library for processing structural biology data
Macnar, J.M., Szulc, N.A., Kryś, J.D., Badaczewska-Dawid, A.E., & Gront, D.
Biomolecules
doi: 10.3390/biom10030461 

Pathogenic variants in the myosin chaperone UNC-45B cause progressive myopathy with eccentric cores
Donkervoort, S., Kutzner, C. E., Hu, Y., Lornage, X., Rendu, J., Stojkovic, T., Baets, J., Neuhaus, S.B., Tanboon, J., Maroofian, R., Bolduc, V., Mroczek, M., Conijn, S., Kuntz, N. L., Töpf, A., Monges, S., Lubieniecki, F., McCarty, R. M., Chao, K. R., Governali, S., Böhm, J., Boonyapisit, K., Malfatti, E., Sangruchi, T., Horkayne-Szakaly, I., Hedberg-Oldfors, C., Efthymiou, S., Noguchi, S., Djeddi, S., Iida, A., di Rosa, G., Fiorillo, C., Salpietro, V., Darin, N., Faure, J., Houlden, H., Oldfors, A., Nishino, I., de Ridder, W., Straub, V., Pokrzywa, W., Laporte, J., Foley, R., Romero, N.B., Ottenheijm, C., Hoppe, T., & Bönnemann, C.G.
The American Journal of Human Genetics
doi: 10.1016/j.ajhg.2020.11.002

---
pogrubienie - pracownik Laboratorium Metabolizmu Białek
* autor korespondencyjny

2018

Ubiquitylation pathways in insulin signaling and organismal homeostasis
Balaji, V.†, Pokrzywa, W.†, & Hoppe, T.
BioEssays
doi: 10.1002/bies.201700223 

The ubiquitin ligase UBR5 suppresses proteostasis collapse in pluripotent stem cells from Huntington’s disease patients
Koyuncu, S., Saez, I., Lee, H. J., Gutierrez-Garcia, R., Pokrzywa, W., Fatima, A., Hoppe, T., & Vilchez, D.
Nature Communications
doi: 10.1038/s41467-018-05320-3

---
pogrubienie - pracownik Laboratorium Metabolizmu Białek
† równy wkład

2017

Chaperone-directed ubiquitylation maintains proteostasis at the expense of longevity
Pokrzywa, W., Lorenz, R., & Hoppe, T.
Worm
doi: 10.1080/21624054.2017.137140 

CHIPped balance of proteostasis and longevity
Pokrzywa, W., & Hoppe, T.
Oncotarget
doi: 10.18632/oncotarget.22101 

Repair or destruction - an intimate liaison between ubiquitin ligases and molecular chaperones in proteostasis
Kevei, É.†, Pokrzywa, W.†, & Hoppe, T.
FEBS Letters
doi: 10.1002/1873-3468.12750

---
pogrubienie - pracownik Laboratorium Metabolizmu Białek
† równy wkład

Sprzęt

W naszym laboratorium, oprócz standardowego wyposażenia i ekspresu do kawy, posiadamy kilka najnowocześniejszych instrumentów badawczych do analizy nicieni i białek, w tym:

WormLab® Imaging System

ScreenChip™ System

wMicroTracker

CherryTemp

ZEISS Axio Zoom.V16 Fluorescence Microscope

ÄKTA Go Protein Purification System

Granty

Logos of funding agencies
Otwarte granty
OpenClose
Zamknięte granty
OpenClose

Zespół

Kierownik laboratorium

Photo of Dr. Wojciech Pokrzywa

dr hab. Wojciech Pokrzywa

ORCID, LinkedIn, X 

Podczas swoich studiów doktoranckich na Katolickim Uniwersytecie w Louvain w Belgii, Wojciech Pokrzywa badał funkcję systemu ubikwityna-proteasom w regulacji lokalizacji białek błonowych u drożdży. W 2009 roku dołączył do laboratorium Prof. Thorstena Hoppe na Uniwersytecie w Kolonii w Niemczech, gdzie badał mechanizmy proteostazy podczas rozwoju i starzenia u C. elegans. 

W połowie 2017 roku założył w Warszawie własną grupę badawczą zajmującą się mechanizmami regulacji metabolizmu białek.

Pracownicy

post-dokowie

Dr Małgorzata Piechota
Dr Anna Soszyńska ✉

Specjaliści

Dr Anna Grabowska ✉
Marta Niklewicz
Lilla Biriczová
Agnieszka Sztyler ✉

doktoranci

Pankaj Thapa ✉
Natalia Szulc ✉
Anwesha Sarkar ✉
Karolina Milcz

MAGISTRANCI

Gabriela Piórkowska

Dołącz do Nas

Interesują Cię molekularne mechanizmy proteostazy? Szukasz pasjonującej grupy naukowców z wyjątkowo przyjazną atmosferą pracy? Dlaczego nie dołączysz do naszego zespołu?

Nieustannie poszukujemy zmotywowanych osób chętnych do prowadzenia badań w naszej grupie. Jeśli jesteś zainteresowana/y przyszłymi ofertami pracy, prześlij nam swoje CV.

Kontakt

Menedżer laboratorium

Dr Anna Grabowska

Tel: +48 22 597 07 77
E-mail: agrabowska@iimcb.gov.pl

Kierownik laboratorium

Dr hab. Wojciech Pokrzywa

Tel: +48 22 597 07 43
E-mail: wpokrzywa@iimcb.gov.pl

Adres

Laboratorium Metabolizmu Białek

Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej
i Komórkowej w Warszawie

Ks. Trojdena 4

02-109 Warszawa

Pokrzywa Lab logo
IIMCB logo